21世(🤸)纪初，人类将(🙉)多数人留(liú )在被哥斯拉(lā )蹂躏(🧤)的地(🚻)球上(shàng )，仅使被(bèi )选中(zhōng )的人(rén )们(🥕)乘上恒(🧟)星间移民船·阿拉特拉姆，前往(💔)能够移居的“约定之地·τ星e”。但(dàn )这(zhè )(👪)一计划失败(bài )(💅)，人类只得再度返回地球。而(ér )(🐡)长距离亚空间(🤥)航(háng )行(háng )所(🔤)引(yǐn )发的时空(kōng )歪曲，导致人类回到(🏴)的地方变成了“两万年后的(💣)地球”。在(⏳)这个地(dì )球，主人公·晴(qíng )男(📤)等人在(🔪)遭受哥(🛃)斯拉(lā )袭击(jī )的同时，与埃克(kè )西弗、(🚩)比(bǐ )尔沙(shā )(🏸)尔(❄)德两(liǎng )种族的异星人(🐈)共同实行谋(móu )划(huá )了(🚪)20年的(de )“对哥斯(⛅)拉战术”，通(🛃)过殊死(sǐ )战斗成功(🐇)击倒了哥(🏗)斯拉(lā )。
　　但(🍑)喜悦(🙎)并未持续多久(jiǔ )，深藏地下的真正(zhèng )哥斯(sī )拉“哥斯(🍑)拉(🐞)·地球(qiú )”现(xiàn )身了(💱)。两万年间(😓)持续(✒)成长生存、(🈵)身(😎)高300米(🕝)、质(zhì )(🌵)量超过(😀)10万(🍄)吨，在进化成这种姿态的(de )超巨大(⏸)哥斯拉(lā )(🗻)压倒性的破(😇)坏力面前，晴男(☕)等(děng )人(👑)落(luò )花流(liú )水。
　　拯救(jiù )了晴男的(💺)是被视为人(rén )类(lèi )的(de )残存者“弗图亚(🔼)”之(zhī )民，米(mǐ )亚娜。弗图亚(📿)是他们在这(zhè )个地球首次遇到的(de )人(rén )(🎓)型生(shēng )命种族(zú )。他们(➖)会(⚡)是人类的子孙吗(🧛)——。“弗(fú )图亚的神(shén )也被哥(gē )斯拉击破，如今(jīn )只(😄)剩下卵。挑战者、抗(kàng )争(👼)者，全部被火(huǒ )焰吞噬而消失了(🔥)”面(🏳)对这样的他(tā )们，晴男回应(🚽)道(dào )“这(♌)是(shì )以人类的(de )双手夺回地(dì )(👲)球(qiú )的最后机(jī )会(huì )了”。
　　另一(🌃)方面，比尔(🌁)沙尔德(dé )的指挥官(🛀)·(💵)加尔格，注意到弗图亚(yà )使用的(🚳)箭头是由“自律(🍙)思考金属体·纳米金属(shǔ )”所制(✒)造而欢(huān )喜(📄)。这(zhè )(😯)和21世纪(🏁)他们在富士山(🎾)麓作为(wéi )“对哥斯拉(lā )决战兵器”所开发、在(zài )启动前遭到破坏(🏩)的“机械哥斯拉”由(yóu )同种物(😒)质所构成(🐣)。这(zhè )正是(shì )当时的开发设备(⏱)至(🎄)今仍(🏅)然残存的(🤚)证明(míng )——。